Markus Knüfken wuchs in Essen auf. Knüfken machte 1985 in Essen-Kettwig sein Abitur und zog dann nach München, um seinen Zivildienst anzutreten. 1987 arbeitete er für sechs Monate im Paketpostamt München, um sich eine halbjährige Reise nach Australien zu finanzieren.

Im April 1988 kam er aus Australien zurück. Er machte den Taxischein und arbeitete als Dauerstatist bei der Bavaria Film für die ARD Reihe Rote Erde. Im Sommer 1990 begann er seine Ausbildung als Schauspieler bei der Schauspielschule Schauspiel München.